1942年1月15日,一二九师颁布整编令及新编制表。一二九师仍兼太行军区,师领导为军区领导。:第一军分区司令员秦基伟,政委高扬;第二军分区(新十旅兼)司令员曾绍山,政委赖若愚;第三军分区(决死三纵队兼)司令员鲁瑞林,政委王一伦;第四军分区司令员石志本,政委王孝慈;第五军分区司令员皮定钧,政委王维纲;第六军分区司令员宋凤洲,政委朱穆之。
1943年10月,八路军总部决定太行军区与一二九师分开,另组太行军区机关,由总部直接指挥太行军区。
1945年8月20日,晋冀鲁豫军区成立,太行军区成为该军区的4个二级军区之一。此时,太行军区司令员为秦基伟,政委李雪峰,副司令员黄新友、赵辉楼,副政委黄镇,参谋长何正文,政治部主任袁子钦。下辖第:第十二军分区司令员胡震,政委孙楚;第十三军分区司令员鲁瑞林,政委刘建勋;第十四军分区司令员韩卫民,政委丁一川;第十五军分区司令员黄新友(兼),政委刘毅;第十六军分区司令员崔建功,政委谷景生;第十七军分区司令员陶国清,政委陶鲁笳