1940年1月，“晋西事变”后，为巩固太岳区，加强该地区的军事力量，八路军第386旅集总部特务团进入太岳区，配合决死第1纵队予进攻张家店之阎军以严重打击，巩固了太岳区根据地。6月，根据北方局黎城会议决定，成立太岳军区，由八路军第129师第386旅兼军区领导机关（对外称太岳纵队）。陈赓兼任司令员，王新亭兼任政治委员，牛佩琮任副司令员，周希汉兼任参谋长，苏精诚兼任政治部主任。下辖：第1军分区，张春森任司令员，金世柏任政治委员；第2军分区，张汉丞任司令员，史键任政治委员；第3军分区，王清川任司令员，孙雨亭任政治委员；第386旅，陈赓任旅长，王新亭任政治委员。该军区组成后，先后参加了“百团大战”和太岳区冬季反“扫荡”作战。
1941年1月14日，八路军第129师决定，第386旅改为第129师机动团，免兼太岳军区领导机关，太岳军区由决死第1纵队兼。8月6日，为建立（太）岳南抗日根据地，第129师以第386旅第17、第18团和决死第1纵队第57团为基础组建太岳南进支队（归太岳纵队兼太岳军区建制，1942年12月5日撤销）。8月8日，为开展太岳山区和中条山区的抗日斗争，八路军总部根据中央军委决定，以决死第1纵队、第386旅及第212旅合编组成太岳纵队，归第129师指挥。8月11日，决死第1纵队改成决死第2旅。10月3日，太岳区决定，以决死第1旅的1个工作队和第386旅的部分干部为基础，成立太岳军区第4军分区。是年，太岳军区部队先后参加了反“蚕食”斗争和岳南、岳北秋季反“扫荡”作战。1942年1月，10日，为便于指挥，太岳纵队拨归第129师建制。太岳纵队仍兼太岳军区。15日，八路军第129师根据中共中央关于精兵简政的指示，将第212旅并入第4军分区（保留旅的番号）所辖第54、第55、第56团合并称第54团，归第4军分区建制。决死第1旅第59团，洪赵支队分别并入第1、第3军分区。4月1日，中共太岳区委决定，成立豫晋边区人民抗日联防区，辖第1、第3军分区（分别由第18、第57、第17团兼）。10月21日，中共中央决定，该联防区并入太岳军区。是年，太岳军区部队先后参加了1942年春季、夏季、秋季反“扫荡”作战和沁源围困战。
1943年3月24日，太岳军区重新划分为4个军分区。决死第1旅改兼第1军分区，李聚奎任司令员，顾大川任政治委员，辖第25、第38、第59团和洪赵支队；第386旅改兼第2军分区，王近山任司令员，刘忠任政治委员，辖第772、第16、第20团；第212旅改兼第3军分区（后旅的番号撤销），孙定国任司令员，刘聚奎任政治委员，辖第54、第57团；原豫晋联防区改编为第4军分区，唐天际任司令员，李哲人任政治委员，辖第2、第17团和豫北义勇军。10月初，参加太岳1943年秋季反“扫荡”作战。10月6日，中共中央决定，八路军第129师机关与八路军总部机关合并，保留第129师番号，太岳军区归八路军总部领导，太岳纵队番号自行撤销。
1944年8月1日，太岳军区决定，成立第5军分区，康俊仁任司令员，柴泽民任政治委员。9月6日，以第18、第59团组建豫西抗日游击第2支队进军豫西（10月划归河南军区建制）。10月下旬，八路军总部指示，以抗大太岳大队（1942年2月成立）扩编为中国人民抗日军事政治大学太岳分校（简称抗大太岳分校），归太岳军区领导。1945年4月，参加豫北战役。8月，参加战略反攻作战。8月20日，中共中央决定，成立晋冀鲁豫军区。据此，太岳军区于9月2日划归晋冀鲁豫军区建制。23日，太岳军区决定，以决死第1旅兼第1军分区组建太岳军区第1旅，辖第38、第25团和吞襄团；将第386旅兼第2军分区、第3军分区部队合并组建太岳军区第2旅，辖第20、第772团和士敏独立团。
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